飼料中的霉菌毒素中以黃曲酶毒素（AF）和玉米赤霉烯酮（ZEN）對豬的影響最大。豬對霉菌毒素敏感,特別是哺乳或哺乳仔豬。一般來講,當水平相對較低時,霉菌毒素降低飼料采食量、生產性能和免疫功能。20-200ppb的AFB1可引起飼料采食量和生產性能下降,但可通過提高特殊日糧養(yǎng)分如賴氨酸或蛋氨酸水平來抵消；嚴重AF中毒(1000-5000ppb) ,可發(fā)生急性影響,包括對呼吸的影響。據(jù)報道,飼料中AF含量為2.0mg/kg 時, 可使豬體重由對照組的33.7kg減少到29.7kg。AF通過胎盤屏障轉移到胎兒,引起胎兒畸形,導致產仔數(shù)減少、產弱仔、死胎和木乃伊。急性中毒的個別母畜會發(fā)生流產。公豬AF中毒則表現(xiàn)性欲下降。豬對玉米赤霉烯酮最為敏感。Kordic等（1992）研究表明，在日糧中添加22.09mg/kg的玉米赤霉烯酮，顯著地降低了青年母豬的繁殖性能。ZEN 對豬繁殖性能的影響主要表現(xiàn)為生殖器官出現(xiàn)異常變化，如陰唇紅腫、乳頭腫大、包皮腫大、以及常出現(xiàn)發(fā)情癥狀、不孕、假孕、流產、死胎、公豬性欲降低等癥狀（肖治軍，2003；張丁華等，2004）。Minervinia等（2001）從32日齡開始對公仔豬飼喂9μg/g 劑量的ZEN ，在其一歲時，發(fā)現(xiàn)公豬的精液濃度明顯的降低，而且睪丸發(fā)生萎縮。對于母仔豬則導致卵母細胞不能正常成熟，并且發(fā)現(xiàn)染色體出現(xiàn)異?，F(xiàn)象。其他毒素方面如赭曲霉毒素，給豬飼喂含赭曲霉毒素1mg/kg的飼料1個月可引起腹瀉、厭食和脫水，出現(xiàn)生長遲緩，飼料利用率低，剖檢多見腎蒼白、堅硬，即橡皮腎。飼喂含麥角毒素的飼料，可在數(shù)天或數(shù)周內豬只表現(xiàn)精神沉郁，采食減少，全身狀況不佳，通常出現(xiàn)后腿跛行，嚴重者尾巴、耳朵和蹄壞死。
微生物在飼料上生長繁殖，使飼料發(fā)生一系列的生化變化，造成飼料品質變劣的現(xiàn)象稱為霉變。飼料霉變后會失去原有的味道，氣味不正，脂肪酸度升高，營養(yǎng)成分破壞，適口性下降。因為微生物本身散發(fā)出來的氣味，如許多青霉有強烈的霉味，可被飼料吸附，這種霉味很難消除。飼料原料發(fā)霉往往伴隨害蟲的繁殖，害蟲活動的代謝物、分泌物進一步使得飼料原料品質惡化，產生變色、變味、變臭、潮濕、結塊、霉爛、帶毒等一系列的劣變。而且組成飼料的各種有機成分在微生物的分解作用下，生成許多有特殊刺激嗅覺和味覺的物質，如高水分的飼料在通風不良條件下進行儲藏時，由于飼料中的碳水化合物被微生物發(fā)酵利用，便產生一些酸和醇，使飼料帶酸味和酒味。嚴重霉變的飼料，其中的蛋白質被微生物分解產生氨、氨化物、硫化物、硫化氫；有機碳化合物被分解產生各種有機酸、醛類、酮類等，這些物質都具有強烈的刺激性，產生異味與異臭，從而嚴重影響適口性。另外，飼料霉變后的霉菌毒素也是導致飼料適口性下降的主要原因之一。
霉菌中的孢霉菌自身不僅不制造營養(yǎng)，而且常通過分泌多種酶分解飼料養(yǎng)分供其生長繁殖。因此，被霉菌污染的飼料，營養(yǎng)成分含量和營養(yǎng)價值大大降低。另外霉菌消耗營養(yǎng)物質的同時產生大量的熱量，這樣使飼料中蛋白質、脂肪、碳水化合物和維生素發(fā)生變化。N.Paster and N.Lisker(1982)報道在高濕度條件下儲藏脂肪的含量顯著降低，而脂肪酸的比率、維生素E、胡蘿卜素、黃色色素和蛋白質的含量變化都不顯著。Beasley et al.（1980）發(fā)現(xiàn)仔雞飼喂接種過青霉屬霉菌的飼糧后腹瀉率較對照組增加，生長速率較對照組降低。齊德生等（1999）報道霉變豆粕氣味不良,蛋白質溶解度下降,霉菌總數(shù)可大幅度升高,但粗蛋白含量、粗纖維含量、砂分、過氧化物值、有效酸度及揮發(fā)性鹽基氮含量無明顯改變,黃曲霉毒素B1 含量升高不顯著。陳喜斌等（2003）研究表明隨著豆粕中霉菌的生長，豆粕的蛋白質溶解度在逐漸減少，霉菌增長與蛋白質溶解度降低有較強的負相關關系，隨著霉菌的生長，豆粕的粗脂肪含量在逐漸減少，霉菌增長與粗脂肪含量降低有較強的負相關關系，霉菌生長對豆粕的粗蛋白含量和脲酶活性指數(shù)△PH沒有顯著影響。陳喜斌等（2004）對霉變飼料營養(yǎng)價值影響又進行研究表明霉變豆粕粗蛋白含量雖然沒有明顯改變,但蛋白質溶解度呈線性下降,總氨基酸含量顯著下降,其中必需氨基酸受到的影響明顯大于非必需氨基酸。在所測的17 種氨基酸中,蛋氨酸、賴氨酸、丙氨酸、異亮氨酸受到的影響最大,含量下降最多,總能僅在霉菌數(shù)超過80千個/g才顯著下降。霉變也明顯改變營養(yǎng)成分的利用率。本研究表明,雞對豆粕干物質、粗蛋白質利用率都隨著豆粕中霉菌數(shù)的增加而下降,尤其是霉菌數(shù)達到140千個/g,下降極為顯著(P<0.05),總氨基酸平均利用率,必需氨基酸平均利用率在豆粕中霉菌含量超過80千個/g時,下降極為顯著(P<0.01),其中,丙氨酸、蛋氨酸、賴氨酸、胱氨酸下降最多。丁斌鷹（2001）的研究結果還表明:隨著霉變程度的增加,豆粕的氫氧化鉀溶解度顯著減少(P<0.05),粗蛋白變化不明顯(P>0.1)。霉菌數(shù)與豆粕氫氧化鉀溶解度變化有較強的相關關系(P<0.01)。